Congés payés et arrêt maladie : quel impact juridique ?

Un arrêt maladie peut désormais créer des droits à congés payés, les déplacer ou les sauvegarder — à condition de connaître les règles exactes issues de la loi du 22 avril 2024. Depuis le 24 avril 2024, le droit français a profondément revu ses fondamentaux : acquisition pendant l’arrêt, report sur quinze mois, rétroactivité remontant au 1er décembre 2009, obligation d’information pesant sur l’employeur. Pour les salariés, ignorer ces mécanismes, c’est risquer de perdre des jours définitivement. Pour les employeurs, mal les appliquer, c’est s’exposer à un contentieux coûteux. Voici le décryptage opérationnel de ce que la réforme change concrètement.

Ce que change la loi de 2024 sur congés payés et arrêt maladie

Pendant des décennies, le droit français a maintenu une distinction nette : seuls les arrêts liés à un accident du travail ou une maladie professionnelle (AT/MP) permettaient d’acquérir des congés payés durant l’absence. Un salarié victime d’une grippe, d’une fracture ou d’une dépression d’origine non professionnelle se retrouvait, lui, sans acquisition pendant son arrêt. Cette règle, longtemps tolérée en pratique, s’est heurtée de front à la jurisprudence de la Cour de cassation et au droit de l’Union européenne.

C’est la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024, en son article 37, qui a tranché. Entrée en vigueur le 24 avril 2024, elle modifie le Code du travail pour consacrer un principe simple : tout arrêt de travail pour maladie ou accident, quelle qu’en soit l’origine, génère désormais des droits à congés payés. Elle introduit également un mécanisme de report structuré et une obligation d’information à la charge de l’employeur — deux points qui conditionnent directement la survie des droits acquis.

La réforme s’articule autour de trois piliers :

• L’acquisition : les règles diffèrent selon que l’arrêt est d’origine professionnelle ou non professionnelle, avec des taux et des plafonds distincts.
• Le report : un délai de 15 mois est désormais codifié, mais son point de départ dépend d’une information préalable de l’employeur.
• La rétroactivité : la loi valide rétroactivement les droits ouverts depuis le 1er décembre 2009, date à laquelle la jurisprudence européenne avait commencé à s’imposer.

Il faut également noter que le 18 juin 2025, la Commission européenne a ouvert une procédure d’infraction contre la France (référence iNFR(2025)4012) par lettre de mise en demeure, pointant une non-conformité résiduelle avec la directive 2003/88/CE sur le temps de travail. La France dispose de deux mois — soit jusqu’au 18 août 2025 — pour répondre. Ce signal indique que le droit français pourrait encore évoluer, ce qui renforce l’intérêt de maîtriser dès maintenant les règles en vigueur.

Ce cadre posé, il convient d’examiner précisément comment l’acquisition des congés se calcule selon la nature de l’arrêt.

Acquisition des congés pendant l’arrêt: maladie non professionnelle vs AT/MP

La distinction entre maladie non professionnelle et accident du travail ou maladie professionnelle n’a pas disparu avec la réforme — elle s’est simplement déplacée du principe (acquisition oui ou non) vers le quantum (combien de jours acquis). C’est un point que beaucoup de commentaires hâtifs ont négligé.

En régime normal, un salarié acquiert 2,5 jours ouvrables par mois de travail effectif, soit 30 jours ouvrables sur une période de référence complète (du 1er juin de l’année N-1 au 31 mai de l’année N, sauf convention ou accord collectif prévoyant une autre période). Ce taux s’applique aussi aux arrêts AT/MP, qui sont assimilés à du travail effectif sans limitation de durée.

Pour la maladie non professionnelle, la règle est différente depuis le 24 avril 2024 :

Un exemple concret permet de mesurer l’impact réel. Prenons la période de référence du 1er juin 2024 au 31 mai 2025, avec un arrêt pour maladie non professionnelle du 1er août 2024 au 30 septembre 2024 (deux mois complets) :

• Du 1er juin au 31 juillet 2024 (2 mois de travail) : 5 jours ouvrables (2 × 2,5).
• Du 1er août au 30 septembre 2024 (2 mois d’arrêt maladie non professionnel) : 4 jours ouvrables (2 × 2).
• Du 1er octobre 2024 au 31 mai 2025 (8 mois de travail) : 20 jours ouvrables (8 × 2,5).
• Total : 29 jours ouvrables pour la période, contre 30 si le salarié avait travaillé sans interruption.

L’employeur doit décompter séparément les jours acquis hors maladie et ceux acquis pendant l’arrêt. Cette distinction a une conséquence pratique : les congés acquis pendant l’arrêt relèvent du régime de report spécifique, tandis que les congés ordinaires suivent les règles habituelles de la période de prise.

Autre précision importante : le Code du travail autorise des méthodes alternatives de décompte, notamment par période de 4 semaines ou par période de 24 jours ouvrables de travail effectif. L’employeur doit retenir la méthode la plus favorable au salarié. Cette règle du calcul le plus avantageux s’applique également à l’indemnité de congés payés, calculée soit au dixième de la rémunération brute perçue, soit en maintien de salaire — la formule la plus haute s’impose.

Ces droits acquis pendant l’arrêt ne se confondent pas avec les congés déjà reportés d’une période antérieure. Un salarié peut ainsi cumuler, sur son compteur, des jours reportés de l’année précédente et des jours nouvellement acquis pendant son arrêt en cours — deux stocks distincts, soumis à des délais différents. C’est précisément ce mécanisme de report qu’il faut maintenant examiner.

Report des congés si la maladie empêche de les prendre: la règle des 15 mois et sa jurisprudence

Avant la réforme, le sort des congés non pris en raison d’une maladie était incertain. La Cour de cassation avait progressivement aligné sa jurisprudence sur celle de la Cour de justice de l’Union européenne, reconnaissant un droit au report, mais sans cadre légal unifié. La loi du 22 avril 2024 a comblé ce vide en codifiant un délai de report de 15 mois, désormais inscrit dans le Code du travail.

Le mécanisme fonctionne ainsi : lorsqu’un salarié n’a pas pu prendre tout ou partie de ses congés payés en raison d’un arrêt maladie, ces jours ne sont pas perdus à l’expiration de la période de prise habituelle. Ils sont automatiquement reportés sur une période de 15 mois. Mais — et c’est le point critique — ce délai de 15 mois ne commence à courir qu’à compter du moment où l’employeur a informé le salarié de ses droits et du délai dont il dispose pour les exercer.

Cette condition d’information n’est pas une formalité accessoire. Si l’employeur omet d’informer le salarié à la reprise du travail, le délai de 15 mois ne démarre pas. En pratique, les congés restent en suspens jusqu’à ce que l’information soit délivrée — ce qui peut considérablement allonger la fenêtre de report et alourdir le passif de l’entreprise.

La jurisprudence qui a inspiré cette codification mérite d’être rappelée. La CJUE a posé depuis longtemps le principe selon lequel le droit au congé annuel payé, garanti par la directive 2003/88/CE, ne peut être perdu du simple fait d’une maladie survenue avant ou pendant la période de prise. La Cour de cassation a suivi cette ligne à partir de 2023, en jugeant que les règles françaises antérieures étaient incompatibles avec le droit de l’Union. La loi de 2024 a tiré les conséquences de cette jurisprudence en les intégrant dans le Code du travail.

Pour les arrêts longs — supérieurs à un an, par exemple —, l’articulation est la suivante : les droits s’accumulent pendant toute la durée de l’arrêt (dans les limites des plafonds d’acquisition), et le délai de report de 15 mois ne commence à courir qu’à compter de la reprise effective du travail et de la délivrance de l’information par l’employeur. Un salarié absent trois ans pour maladie non professionnelle ne perdra donc pas ses congés acquis si son employeur remplit son obligation d’information dès le retour.

Ce droit au report s’applique aussi à une situation distincte mais fréquente : l’arrêt maladie survenant en cours de congés payés déjà fixés. C’est le cas de figure suivant.

Arrêt maladie pendant des congés payés: annulation, report ou maintien ?

La question revient régulièrement dans les services RH et les cabinets d’avocats : un salarié tombe malade pendant ses congés payés. Que se passe-t-il ? Avant la réforme, le droit français répondait de manière ambiguë. Depuis 2024, et conformément à la jurisprudence de la CJUE, la réponse est claire.

Les jours couverts par un arrêt maladie survenant pendant des congés payés ne doivent pas être décomptés comme des congés payés. Ils doivent être reportés après le retour du salarié dans l’entreprise. La directive 2003/88/CE s’oppose à toute règle nationale qui refuserait ce report — c’est précisément l’un des points visés par la procédure d’infraction ouverte par la Commission européenne le 18 juin 2025.

Concrètement, si un salarié part en congés du 1er au 31 juillet et est placé en arrêt maladie du 10 au 20 juillet (11 jours), ces 11 jours ne sont pas consommés. À son retour, il dispose encore de ces jours à prendre, dans le respect du délai de report applicable.

Les conditions pratiques à respecter sont les suivantes :

• Le salarié doit transmettre son arrêt de travail à l’employeur dans les délais légaux ou conventionnels habituels (généralement 48 heures).
• Il doit informer explicitement l’employeur que l’arrêt survient pendant une période de congés payés et qu’il entend en demander le report.
• L’employeur ne peut pas refuser ce report au motif que la période de prise des congés est dépassée ou que le planning est fixé.

Une limite existe néanmoins : si le salarié n’était pas en congés payés au sens strict mais en congé sans solde ou en RTT, les règles sont différentes. De même, la preuve de l’arrêt maladie doit être fournie — un certificat médical établi pendant la période de congés est indispensable. Un arrêt antidaté ou produit après la reprise sans justification médicale sérieuse peut être contesté.

Cette règle du report en cas d’arrêt pendant les congés s’applique également aux congés reportés eux-mêmes : si un salarié prend des jours reportés de l’année précédente et tombe malade pendant cette période, ces jours sont à nouveau reportés. Le mécanisme est cumulable, à condition que le délai global de report (15 mois à compter de l’information) ne soit pas dépassé.

Ces règles actuelles ont une dimension temporelle supplémentaire : elles s’appliquent aussi aux périodes passées, ce qui ouvre la question de la rétroactivité.

Rétroactivité depuis 2009: qui peut réclamer, jusqu’à quand, et comment

La rétroactivité est sans doute le volet le plus complexe — et le plus sous-estimé — de la réforme. La loi du 22 avril 2024 ne se contente pas de fixer des règles pour l’avenir : elle valide rétroactivement des droits à congés payés pour les périodes d’arrêt maladie remontant au 1er décembre 2009. Cette date n’est pas arbitraire : elle correspond à la période à partir de laquelle la jurisprudence européenne avait commencé à s’imposer de manière certaine.

Qui peut concrètement réclamer ? Deux catégories de salariés sont concernées :

• Les salariés encore en poste dans l’entreprise, qui peuvent demander la régularisation de leurs compteurs pour les périodes d’arrêt non prises en compte.
• Les anciens salariés dont le contrat a été rompu après le 1er décembre 2009 et qui n’ont pas encore vu leurs droits prescrits.

La question de la prescription est centrale. Deux délais coexistent :

• 2 ans à compter de la rupture du contrat pour les actions en contestation de la rupture ou en exécution du contrat.
• 3 ans pour les actions en paiement de salaires — et l’indemnité de congés payés est assimilée à un salaire.

En pratique, un salarié dont le contrat a été rompu en 2021 dispose, en principe, jusqu’en 2024 pour réclamer des indemnités de congés payés non versées. Passé ce délai, l’action est prescrite. Pour les salariés encore en poste, le délai de 3 ans court à compter de chaque fait générateur — c’est-à-dire à compter de chaque période de référence au cours de laquelle des droits auraient dû être acquis et ne l’ont pas été.

Les documents à rassembler pour étayer une réclamation sont les suivants :

• Les bulletins de paie couvrant les périodes d’arrêt concernées.
• Les arrêts de travail (avis d’arrêt de travail délivrés par le médecin).
• Les relevés de compteur de congés payés fournis par l’employeur (souvent annexés aux bulletins de paie).
• Toute correspondance avec l’employeur relative aux congés et aux arrêts.

Un point de vigilance : la rétroactivité ne signifie pas que tous les droits depuis 2009 sont automatiquement dus. Seuls les droits non prescrits et non déjà indemnisés peuvent être réclamés. Si l’employeur a versé une indemnité compensatrice de congés payés à la rupture du contrat, il faut vérifier si cette indemnité intégrait ou non les périodes d’arrêt maladie non professionnel.

La complexité de ces calculs rétroactifs — et les risques d’erreur de part et d’autre — rendent indispensable une bonne maîtrise des obligations qui pèsent sur l’employeur, notamment en matière d’information et de tenue des compteurs.

Obligations de l’employeur et impacts paie: information, décompte, indemnité

La réforme de 2024 ne se limite pas à créer des droits pour les salariés : elle impose des obligations précises et contraignantes aux employeurs. Leur méconnaissance expose l’entreprise à un double risque — le contentieux individuel et le redressement en cas de contrôle.

L’obligation d’information est la plus structurante. À la reprise du travail après un arrêt maladie, l’employeur doit informer le salarié :

• du nombre de jours de congés acquis pendant son arrêt ;
• du délai de report de 15 mois dont il dispose pour les prendre ;
• de la date à partir de laquelle ce délai commence à courir.

Cette information doit être délivrée dans le mois suivant la reprise. Si elle n’est pas fournie, le délai de 15 mois ne commence pas à courir — ce qui signifie que les droits restent en suspens indéfiniment, alourdissant le passif social de l’entreprise. En cas de litige, c’est à l’employeur de prouver qu’il a bien délivré cette information.

Sur le plan du décompte, l’employeur doit tenir des compteurs distincts :

• les congés acquis en période de travail effectif ;
• les congés acquis pendant les arrêts AT/MP ;
• les congés acquis pendant les arrêts maladie non professionnelle ;
• les congés reportés et leur date d’expiration respective.

La confusion entre ces compteurs est une source fréquente d’erreur. Un logiciel de paie non mis à jour depuis le 24 avril 2024 peut générer des bulletins incorrects — et donc des droits sous-évalués ou des indemnités mal calculées.

Concernant l’indemnité de congés payés, deux méthodes de calcul coexistent :

• Le dixième de la rémunération brute totale perçue pendant la période de référence.
• Le maintien de salaire, c’est-à-dire la rémunération que le salarié aurait perçue s’il avait travaillé.

L’employeur doit retenir la méthode la plus favorable au salarié. Pour les congés acquis pendant un arrêt maladie, la rémunération à prendre en compte dans le calcul au dixième inclut les indemnités complémentaires versées par l’employeur pendant l’arrêt — un point souvent négligé dans les logiciels de paie.

Les bonnes pratiques RH pour sécuriser la situation incluent :

• Mettre à jour le paramétrage des logiciels de paie pour intégrer les nouveaux taux d’acquisition.
• Créer un modèle de courrier ou de notification électronique d’information post-arrêt, avec accusé de réception.
• Former les gestionnaires RH aux nouvelles règles, notamment sur la distinction AT/MP vs maladie non professionnelle.
• Auditer les compteurs des salariés en arrêt long pour anticiper les régularisations.

Ces obligations opérationnelles posées, il reste à voir comment salariés et employeurs peuvent gérer les situations concrètes — vérification des droits, demande de report, et recours en cas de désaccord.

Cas pratiques et démarches: demander ses jours, éviter la perte de droits, gérer un désaccord

Connaître les règles ne suffit pas : encore faut-il savoir les appliquer dans des situations réelles. Voici un mode d’emploi structuré pour les deux parties.

Pour le salarié — vérifier et sécuriser ses droits

La première étape consiste à vérifier son compteur de congés dès la reprise du travail après un arrêt. Le bulletin de paie du mois de reprise doit faire apparaître les jours acquis pendant l’arrêt. Si ce n’est pas le cas, il faut le signaler par écrit au service RH en citant la loi du 22 avril 2024 et les articles L. 3141-5 et suivants du Code du travail.

La demande de report doit être formulée par écrit, avec les éléments suivants :

• La période d’arrêt concernée et sa nature (maladie non professionnelle ou AT/MP).
• Le nombre de jours dont le report est demandé.
• La référence à l’obligation d’information et au délai de 15 mois.

Si l’employeur n’a pas informé le salarié à la reprise, ce dernier peut demander que le délai de 15 mois soit considéré comme non encore démarré — et donc que les droits soient toujours disponibles, même si la période habituelle de prise est expirée.

Pour l’employeur — anticiper et tracer

Dès la reprise d’un salarié après un arrêt, l’employeur doit :

• Calculer les droits acquis pendant l’arrêt et les intégrer au compteur.
• Envoyer une notification écrite (courrier ou email avec accusé de lecture) indiquant le nombre de jours reportés et la date d’expiration du délai de 15 mois.
• Conserver cette notification dans le dossier du salarié.

En cas de désaccord — les recours disponibles

Si le salarié et l’employeur ne s’accordent pas sur le nombre de jours dus ou sur le report, plusieurs voies s’offrent :

• En interne : saisine du représentant du personnel ou du CSE, qui peut interpeller l’employeur et demander une régularisation.
• L’inspection du travail : elle peut être saisie pour signaler un manquement à l’obligation d’information ou un refus de report injustifié.
• Le conseil de prud’hommes : c’est la voie contentieuse en cas de refus persistant. Le délai de prescription est de 2 ans pour les actions relatives à l’exécution du contrat, et de 3 ans pour les actions en paiement de salaires (dont l’indemnité de congés payés). La saisine doit être précédée d’une tentative de conciliation obligatoire.

Un point de vigilance pour les actions rétroactives : rassembler les preuves avant d’agir. Un bulletin de paie ne mentionnant aucun congé acquis pendant un arrêt de plusieurs mois constitue un indice sérieux, mais il faut le croiser avec les arrêts de travail et les relevés de compteur pour chiffrer précisément le préjudice.

FAQ

Quelle est l’incidence d’un arrêt maladie sur les congés payés ?

Depuis le 24 avril 2024, tout arrêt maladie génère des droits à congés payés. Pour une maladie non professionnelle, le taux est de 2 jours ouvrables par mois d’arrêt, plafonné à 24 jours ouvrables par période de référence. Pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, le taux est de 2,5 jours ouvrables par mois, comme en période de travail effectif. Les congés non pris en raison de l’arrêt bénéficient d’un droit au report de 15 mois, à condition que l’employeur ait informé le salarié de ses droits.

Quelle est la nouvelle loi sur les congés payés et les arrêts maladie ?

Il s’agit de la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024, entrée en vigueur le 24 avril 2024. Elle modifie le Code du travail pour permettre l’acquisition de congés payés pendant tout arrêt maladie, instaure un délai de report de 15 mois, crée une obligation d’information à la charge de l’employeur à la reprise du travail, et valide rétroactivement des droits depuis le 1er décembre 2009.

Est-ce qu’un arrêt maladie annule les congés payés ?

Non. Un arrêt maladie survenant pendant des congés payés fixés ne consomme pas ces congés : les jours couverts par l’arrêt doivent être reportés après le retour du salarié. Cette règle découle de la directive européenne 2003/88/CE et a été confirmée par la jurisprudence de la CJUE. Le salarié doit transmettre son arrêt à l’employeur et demander expressément le report des jours concernés.

Quelle est la jurisprudence concernant le report des congés payés en cas de maladie ?

La Cour de cassation, s’alignant sur la jurisprudence de la Cour de justice de l’Union européenne, a reconnu avant la réforme de 2024 que les congés non pris en raison d’une maladie devaient être reportés. La CJUE a posé le principe selon lequel un salarié tombant malade pendant ses congés annuels a le droit de les reporter ultérieurement. La loi du 22 avril 2024 a codifié ces principes jurisprudentiels en fixant un délai de report de 15 mois, conditionné à une information préalable de l’employeur.

La réforme de 2024 a mis fin à une anomalie juridique durable. Elle donne aux salariés des droits concrets — mais des droits qui ne se réalisent que s’ils sont connus, réclamés et correctement comptabilisés. Pour les employeurs, la mise en conformité n’est plus optionnelle : l’obligation d’information, la tenue des compteurs distincts et le calcul rigoureux des indemnités sont des impératifs dont le non-respect se chiffre rapidement en contentieux. Dans un contexte où la Commission européenne surveille encore la conformité du droit français, de nouveaux ajustements ne sont pas à exclure.